本校では入学後まもなく、「中１静修会」を行います。宗教行事やレクリエーション、中田島砂丘訪問などを通して、集団生活のあり方や南山生としての心構えなどを身に付けていきます。

中学2年生では１学期に、滋賀県大津市にて「中２静修会」を行っています。カトリック大津教会での神父様の講話やワークショップなどを通じて、人とのつながりの大切さを学んでいきます。

中学3年生の11月、長崎研修旅行（3泊4日）を行います。被爆地である長崎を訪れ、平和の意味を考えることを目的としています。1年間の事前学習の中で自分が学ぶテーマを考えて、自ら計画をたてて、社会性と自主性を育んで行きます。また、長崎はカトリック校である本校と深いつながりを持っています。キリスト教の歴史を学ぶことも、もう一つの目的です。

浦上天主堂でのセレモニー、平和公園や原爆資料館訪問、班別自主研修などを行います。

高校1年生の4月に、京都で進路オリエンテーション合宿を行っています。中高6ヵ年の一貫教育の中で一つの節目となるこの時期に、自らの進路に対する考えを深めていくための行事です。京都大学などを訪問したり、京都の大学に進学した先輩たちのお話を伺ったりする中で、高校生としての自覚を高めていきます。

高校2年生の11月、沖縄研修旅行（4泊5日）を行います。中3の長崎研修旅行と関連性を持たせて、凄惨な地上戦が行なわれた沖縄を訪問して、これからの人生の中でも平和の意味を考えていくことのできる人間になることを目的としています。また、沖縄の独特な琉球文化も体験します。

自らテーマを設定して年間を通じて事前学習を行い、2日間の自主研修でその総仕上げを行います。最終的にはレポートとして学習の成果をまとめていきます。

本校では夏期・冬期休暇を利用して、「海外研修旅行」を実施しています。女子部の海外研修プログラムは1970年のアメリカ研修から始まり、40年あまりの歴史があります。現在はイギリスコース、アジアコース、イタリアコースの3コースで実施します。

イギリスの研修では、ホームステイで現地学生とのディスカッションを行ったり、アウトドア体験や遠足などに出かけたりします。アジアコースは、ベトナムやカンボジアなどを訪れ遺跡修復体験やＪＩＣＡの支援に携わる企業と交流します。イタリアコースは、枢機卿ミサ参加やバチカン市国訪問など、カトリック校ならではのコースとなっています。

普段の学校生活では体験できないトレッキングやスキー等フィールドワークを通して、健やかな心身の育成を目指します。また、複数の学年から参加できますので、中高の枠にとらわれない生徒のつながりが生まれていきます。（希望者対象）

2022年度 ◇白川郷フィールドワーク（日帰り） ◇伊勢志摩にて磯観察とシーカヤック体験（日帰り） ◇近江神宮・比叡山延暦寺フィールドワーク（日帰り）

2023年度 ◇北八ヶ岳・白駒池トレッキング（１泊２日） ◇伊勢志摩にてシーカヤックで無人島体験（日帰り） ◇郡上ヴァカンス村スキー場にて冬のスキー体験教室（２泊３日）

国語科・社会科では不定期で、教室を飛び出していろいろな場所を訪問する、「国語科ツアー」「社会科フィールドワーク」を開催しています。これまでにも京都御所・知恩院・青蓮院門跡や平安神宮、嵐山、奈良の明日香村・法隆寺や薬師寺・興福寺・唐招提寺、国立民族学博物館やJT生命誌研究館などを訪れました。実際に学習にかかわる場所を訪問して見聞を広めようという企画です。（希望者対象）

女子部の理科の授業では、教科書の理解だけにとどまることなく、自然科学的な分野への好奇心を豊かに醸成するさまざまな活動を行っています。

・生徒実験を重視
　実際に手を動かして行うことで、真の理解につながります。
・国立天文台やＪＡＸＡなど研究機関による講演会
・名古屋市科学館のプラネタリウムでの学習
・名古屋市東山動物園と連携した研究活動

・ＧＬＯＢＥ委員会（有志）
文部科学省「環境のための地球規模の学習および観測プログラム（グローブ）推進事業」指定校として活動
調査内容　・校内樹木の生物季節観測
　　　　　・学校周辺の大気調査
　　　　　・隼人池の水質調査　　
・霊長学入門（有志）
公益財団法人日本モンキーセンターや研究機関と連携した霊長類の研究活動
研究例　・「嵐山のニホンザルの順位と採食～カロリー摂取量に違いはあるのか～」
　　　　 ・「ボリビアリスザルにおける infant handling」