・心身の成長の著しい中学と高校の時期は、また、精神的に不安定な時期でもあります。この時期を分断せず、6年間を一つの単位として教育することは、心身の発達にも望ましいことであり、体系的で効果的なカリキュラムの編成もできます。科目ごとの学習内容、目標、方法を体系的にまとめた独自の｢学習の手引き｣を作成し、生徒に配付しています。
・中学生・高校生を一緒にした行事・部活動において、組織、リーダーシップ等について学ぶことができます。
・スキー訓練、登山訓練なども、中学生と高校生がともに参加することで、望ましい人間関係を学ぶ機会になっています。
以上のような教育が可能なのは、1学年200人という少人数で6年間を過ごす南山の特徴です。(各学年5クラス編成、高3は文系・理系の比率によって、6クラス編成をとることもあります。）その結果、生徒の状況掌握が容易で、きめの細かい指導が可能になっています。