本校の支援団体である「南山中学・高校友の会」による奨学金制度があります。学費支弁が困難と思われる方、学習活動を初めとする生活全般において態度・行動が優れている生徒を対象に、審査の上、中学生には年額24万円、高校生には年額18万円が給付されます。
その他に、高校生対象の奨学金として、愛知県、名古屋市などの貸与奨学金があります。また、加藤山崎教育基金、河合記念奨学財団など民間団体による奨学金もあります。いずれも奨学金を受けるためには、家計状況などに関わる条件がありますので留意してください。それぞれ募集の時期は異なりますが、案内が届き次第、対象となる各生徒に配付したり、教室に掲示したりしています。
また、高校生を対象に就学支援金をはじめとした授業料や入学金の補助が、国・県・名古屋市などにより毎年実施されます。これも家計状況などの条件はありますが、段階別に補助額が設定されており、比較的大勢の方が給付を受けています。